임상시험 과세 소급적용 취소, 잠깐 숨 돌린 병원들

임상시험 과세 판단은 변함 없어...3월 17일 이후부터 적용

수백억에 달하는 임상시험 부가세 위기에 몰렸던 병원들이 한숨 돌렸다.

임상시험 부가가치세 과세 적용시기가 바뀌면서 가톨릭대와 을지대, 한림대 병원에 소급 적용하기로 했던 부가세 130억원은 없던 일이 됐다.

기획재정부는 국세예규심사위원회를 개최해 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세를 3월 17일(유권해석日) 이후부터 적용하기로 결정했다.

그간 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고해왔다. 이번 국세예규심사위원회에서도 이같은 상황과 사후검증과정에서 한번도 과세가 이뤄진 사례가 없었다는 점이 고려됐다.

당초, 기재부는 임상시험용역의 부가가치세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 대상에 해당된다고 유권해석을 내렸다.

과세 적용시기가 바뀌면서 해당 병원들은 한숨 돌렸지만, 임상시험용역 부가세에 대한 기재부의 판단에는 변함이 없는 것으로 보인다.

기재부는 임상시험용역을 환자에 대한 진료와 치료용역이라기 보다는 의약품 안전성 검사 등을 목적으로하는 시험용역으로 봐야 한다는 관점을 고수했다.

기재부는 “앞으로 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우에도 의료기관과 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다”라며 “과세시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하고, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제 받을 수 있어 문제될 것이 없다”고 설명했다.